我是薩沙，我來回答。
日本的制度和明朝是根本性不同的。
因為日本是民主制度，首相制度。
所謂首相制度，不同于總統(tǒng)制度，是一種精英執(zhí)政的民主制度。
在三權分立的基礎上，立法、行政、司法分別由國會、內(nèi)閣、法院行使。
日本民眾選舉出國會議員，由此選出選出執(zhí)政黨，首相，再組成內(nèi)閣。
民主制度無非就是這些套路，所以日本的制度并不算特殊。
日本的立法權是國會議員的，議員則是民眾選舉而來，所以必須考慮到名義。
同樣道理，內(nèi)閣也是間接選舉的產(chǎn)物，比如考慮到民意。
至于法院是獨立的機構，只對公民負責。
大體就是這樣。
而大明的制度是標準的封建獨裁制度，同日本制度沒有什么聯(lián)系。
相反，大明制度就獨裁制度來說，卻算是相當?shù)牟诲e，可以說是具有現(xiàn)代獨裁制度的框架了。
最高權力掌握在皇帝手中，他有最終決策權。
而國家還有個非常重要的內(nèi)閣，內(nèi)閣有包括首輔在內(nèi)的大臣。
表面上，內(nèi)閣大臣并沒有實權，只有在奏折上寫出處理建議的所謂“票擬權”。
但皇帝往往會照著“票擬”直接批準，尤其是相對不重要的國家大事。
所以，內(nèi)閣雖沒有權力，但如果皇帝懶政或者能力不足，那么實際上國家大事就是內(nèi)閣在處理。內(nèi)閣也就等于具有實權。
但是，這個實權完全是皇帝賦予的，隨時可以拿走，所以皇權不可能動搖。
同時內(nèi)閣和皇帝必然會有意見分歧，甚至會有直接的沖突。
明朝發(fā)明了特殊的司禮監(jiān)秉筆太監(jiān)制度，作為緩沖。
秉筆太監(jiān)理論上只是皇帝的秘書，實際上皇帝將很多不太重要的奏折直接交給他來處理。
所以，秉筆太監(jiān)如果深受皇帝信任，實權就非常大，比內(nèi)閣還要強。
但道理相同，秉筆太監(jiān)只是皇帝的走狗，用于作為和內(nèi)閣的緩沖，隨時可以換人甚至背黑鍋殺掉。
秉筆太監(jiān)一般起不了風浪，比如劉瑾、魏忠賢都是被皇帝秒殺的。
自然，秉筆太監(jiān)的存在是皇帝和內(nèi)閣斗爭的必然產(chǎn)物，以避免雙方直接兵戎相見，導致國家內(nèi)訌。
內(nèi)閣和皇帝都是決策機構，不是具體執(zhí)行機構。
政務的具體執(zhí)行，主要由六部去完成。
由此行政和決策分開，防止內(nèi)閣有機會篡權國家實權，同時掌握決策權和行政大權。
其實明朝的制度很復雜，但簡單來說就是以上三個。
明朝這套制度，有自己的優(yōu)越性。
相比后來滿清的軍機處制度，皇帝獨攬大權，雍正批帖子批到活活累死。
明朝最大的優(yōu)勢就是，對于皇帝的才能要求不高。
從某種意義上說，明朝內(nèi)閣制度，也是類似于日本內(nèi)閣這種精英治國。
因為內(nèi)閣的大學士們，均是國家的精英人物，是龐大官僚機構層層競爭的勝利者。
無論什么職業(yè)，哪怕是掏大糞的，能夠做到頂尖也是人精。
這些大學士們的能力，總體是很強的（當然也有少數(shù)書呆子）。
這些人來治國，總比依靠皇帝要靠譜。因為皇帝是世襲制度，每代皇帝的能力很難預料，有的是超人，有的則是普通聰明人，有的則是缺心眼。
靠一個能力難以估計的人來統(tǒng)治國家，還是內(nèi)閣這種精英制度比較靠譜。
自然，內(nèi)閣制度的主要問題就是防止內(nèi)閣權力過大，可能威脅到皇權。
然而，由于決策權、行政權、尤其是軍權的分立，內(nèi)閣篡權幾乎不可能。
即便是著名的張居正時代，張位極人臣，獨攬大權，仍然沒有篡國的能力，只是擠兌的皇帝比較郁悶就是了。
所以，很多人驚訝為什么明朝有皇帝30年不怎么上朝，但國家還是正常運行，就是依靠這套制度了。
其實，這套制度的發(fā)展版本，今天的世界上也普遍存在，只是換了個名字而已。