先確認下這五人組是:牧紳一,流川楓,澤北榮治,櫻木花道,河田雅史。下面的討論也是基于這五個人的。(P.S. 其實我是懷疑這個消息來源的,不過現在姑且認為是可靠的,是井上雄彥說的。在此基礎上討論這個問題。)
首先可以確定的是,這五個人并不是排名前五的球員,因為無論櫻木的天賦怎樣驚人,以4個月的時間的訓練,就超越森重寬,仙道,深津等好手,在寫實派的《灌籃高手》里是絕對不可能的,就如同安西教練所說,如果櫻木不以流川楓3倍的量來訓練,高中畢業也趕不上他,自然也不可能現階段就比肩仙道等人了。

所以可以說井上大神是按照位置進行選擇的,我認為井上可能是按照設定上五個位置上各自的最佳球員進行選擇的,而沒有考慮到具體的組合問題。理由如下:
1. 射手問題:是很多人提到的沒有三分射手的問題。
2. 櫻木問題:再一個我覺得很重要的,赤木,魚住,乃至只有數據表現的森重寬,對陣容的補充來說,并不弱于櫻木,櫻木的籃板能力表現最強的山王站,在后半段其實是被河田壓制住了,櫻木的籃板能力確實頂尖,但更多時候是因為其他球隊無法祭出第二個籃板手所以作用被放大了。而櫻木另一舉世無雙的作用-協防,其實在擁有移動能力過人,且更強壯,更有經驗的河田的情況下,也是不會發揮太多作用的。所以雖然櫻木天賦過人,但是我仍然認為,在陣容中,祭出河田+赤木/森重寬的雙塔,作用是大于河田+櫻木的。

那么來具體說說這五個人作為各自位置最強人選是否合理吧。
中鋒/控衛
雖然也朋友有些許意見,但我個人認為沒有太多爭議,森重寬還是河田,深津還是阿牧,都可以看做是設定問題,森重寬并沒有直接的比賽描寫,而深津又由于設定上不善于對應小個控衛,所以面對湘北時表現欠佳,雖然斷了牧的一個球,但是更多是出于渲染山王強大的作用。沒有太多可比較的明星對決,我覺得作者自己站出來解釋設定就是最權威的了。至于仙道,個人認為他出現在控球后衛的位置上,更多是為了渲染應對海南的奇招,在后來的湘北戰中,仙道雖然在進攻中仍然有組織作用,但實際的控球后衛也由越野擔任,所以仙道放在小前鋒的位置討論。
大前鋒
我認為也沒什么可爭議的,雖然我前面說過,櫻木的籃板作用并不是無可替代,但是在大前鋒這個井上老師并不很重視的位置上,只有福田和岸本可以稍微競爭一下,但是兩個人防守能力都弱于櫻木,兩個人雖然都有一定的進攻實力,但其實都沒有遠程攻擊能力,這一點對于在山王戰中已經開發出了比較穩定的中投能力的櫻木,已不構成大優勢,且倆人擅長的快攻,也是櫻木的強項。所以櫻木雖然比不了仙道,赤木,在大前鋒位置上被選為最強是合理的。
得分后衛/小前鋒
是爭議較多的兩個位置。首先一個先決觀點,個人認為這兩個位置,井上大神是做同質化處理的,并沒有想對兩個位置加以區分,尤其是對得分后衛的特點更是模糊化處理。比如翔陽,在設定上翔陽除了藤真控衛外,四大長人均為前鋒,包括長谷川。

而陵南,設定上,越野和植草都是作為控球后衛的角色存在的,池上本事打前鋒的球員,后來出現在得分后衛的位置上,也是作為特殊功能球員存在的。
再加上,松本和三井,都是作為2號ACE存在的,也就是說,他們都可以打小前鋒,只是因為有更強的ACE,以及身高原因,才被排在后衛上,所以我分析,井上大神是想從可以打這兩個位置的人員中,選出最強的兩個。不然也無法解釋,流川與澤北的同時入選。
諸星大,土屋沒有過多描寫,按設定來說,是絕對弱過澤北的,而且從設定來說,即使與澤北對位,也遠遠不如流川楓對澤北的威脅大,強行找一些證據論證他們強過流川楓實在是過度解讀,不加入討論。

而澤北是被公認為,日本第一的高中球員,很多人詬病澤北是單打黑洞,然而實際上,澤北是那種戰術素養很高的球員,可以從下半場第一球,以及雙人緊逼,還有準絕殺湘北的最后一球看出。單打能力全國第一,戰術素養奇高(注意下圖澤北的反跑),澤北入圍,爭議不大。

所以最后,也就是最多人爭議的,仙道對流川楓的問題了,我個人認為,流川楓出現在這個位置是合理的。山王戰前如安西教練所說的,流川楓不如仙道,原因是缺乏利用個人能力盤活全隊進攻的能力。而這點實際上也在山王戰中得到了彌補,在擁有了突,傳,射三威脅之后,流川楓已經可以做到和澤北互爆的程度,這其實類似于,仙道與流川楓的早起互爆。流川楓實際在單打上選擇了比仙道難度更大的進攻方式,也因為更強大的個人進攻能力,做到了有球必進,但由于仙道擁有更全面的進攻選擇,進攻更為合理,所以造成了兩人勢均力敵甚至仙道更強的表象。而這點差距在最后也得到了彌補,擁有三威脅的流川楓可以與澤北互爆,而這點也是仙道已經承認過自己在初中敗給澤北時自己做不到的。而兩個人私下對決里,仙道對流川楓所說的,單打大賽大概沒人能贏你,我想也是仙道承認了流川楓單打能力技高一籌,但是缺乏組織能力才與自己勢均力敵的事實。

綜上,我認為井上的選擇,如果從“選擇五個位置上各自最強的球員”的角度來看,是合理的。
頭一次寫這么多答案,可能難免有語言組織不清的地方,歡迎指正。