就兩所，西安陸軍學院烏魯木齊分院和武警烏魯木齊指揮學院。
一是在堿泉街的西安陸軍學院烏魯木齊分院。中國人民解放軍烏魯木齊陸軍學院1949年11月誕生，位于新疆維吾爾自治區首府烏魯木齊市區，王震將軍首任校長和政治委員。隸屬單位為蘭州軍區（新疆軍區）。1993年2月改稱西安陸軍學院烏魯木齊分院，1999年7月與蘭州軍區醫學高等專科學校呼圖壁訓練大隊(前身為烏魯木齊軍醫學校)合并整編為烏魯木齊陸軍（軍醫）學院，正師級，隸屬蘭州軍區。2004年11月學院再次撤編，12月改編為西安陸軍學院烏魯木齊邊防干部訓練大隊，副師級，隸屬新疆軍區。
二是在延安路原新疆人民警察學校對面的烏魯木齊武警指揮學校。武警烏魯木齊指揮學院的前身是武警烏魯木齊指揮學校，組建于1983年，是國務院、中央軍委、武警總部批準的新疆唯一一所武警初級指揮學校。2006年武警部隊院校編制體制調整，學院擴編為正師級單位，更名為武警烏魯木齊指揮學院，并由原來的專科教育升格為本科教育。建院為駐新疆武警部隊內衛、邊防、消防、兵團指揮部、部隊培養輸送了大批軍事人才。武警新疆總隊、武警兵團指揮部所屬單位90%以上的干部，是武警烏魯木齊指揮學院畢業的學員，其中一部分已走上團職領導崗位。2017年6月，原武警工程大學、原武警烏魯木齊指揮學院調整組建新的武警工程大學。