第一集遇到鳳王
第62集遇見超夢
第75集遇見火焰鳥
第190遇見急凍鳥
第222集遇見洛奇亞
第228集遇見水君
第243遇見閃電鳥
第260遇見炎帝
1998.第一部\超夢的逆襲
立志成為第一流的神奇寶貝大師，小智他們依然繼續踏上旅程。這天，當小智與訓練家的戰斗結束之后，他們收到一封由快龍送來的神秘招待券。招待券里面寫著：‘你們是最被看好、最有前途的神奇寶貝訓練家，我以最強的神奇寶貝訓練家的身份，邀請你們來參加我的宴會。’“最強的神奇寶貝訓練家？”好奇的小智他們毫不考慮地朝向新島的神奇寶貝城出發！當一行人到達港口時，卻因為天候不佳，前往新島的船只暫停行駛。港口管理員波佳為了不讓神奇寶貝和他們遭到任何的意外，堅決不讓眾人出航，女警君莎也贊同波佳的看法。 “沒問題！我們有神奇寶貝！”出聲的是一位名叫海男的男孩，他打算搭乘神奇寶貝渡海，而另外兩位訓練家空男和小甜也附和海男的作法，搭乘神奇寶貝渡海。正當小智煩惱無法前往新島之際，港口出現了一艘小船，船上維京人打扮的船家答應在小智他們渡海。正當眾人在海中央之時，突然一個大浪打來，讓操縱小船的船家露出了真面目。什么？竟然是火箭隊那三個搗蛋鬼！！正當火箭隊要說出那套可愛又迷人的臺詞之時，小船竟然被大浪打翻了！小智和小霞趕緊叫出杰尼龜和寶石海星讓眾人緊捉，才不至于被大浪卷走。至于火箭隊嘛……就和從前一樣，“好討厭的感覺啊～” 在到達新島之后，一名長的很像神奇寶貝中心護士喬伊的女子帶領小智一行人前往神奇寶貝城。海男、空男和小甜果然已經到了。當領路的女子介紹最強的神奇寶貝訓家出場時，沒想到出現在眾人面前的竟然是……超夢？ 到底誰是最強的神奇寶貝訓練家？最強的神奇寶貝又是誰呢？
1999年.洛奇亞的爆誕
[1] 小智、小霞、小健及皮卡丘一行人來到了橘子群島，在路途上遇到了暴風雨把他們吹到了亞西亞島上，來到這里剛好村民在舉行祭典，在祭典上小智從芙蘿拉的口中聽到一個古老的傳說，“火之神、雷之神、冰之神不可以擅自觸及，否則天地的憤怒將令世界走向滅亡”。這時壞人為了達到自己的目標抓洛奇亞，不惜破壞這個古老的傳說，在祭典上芙蘿拉要小智成為拯救世界的人，但必須得到三樣寶物，這三樣寶物分別在火之島、雷之島、冰之島。小智去火之島的路途中卻遇到暴風雨，這時候，芙蘿拉認為是她讓小智走向危險的地方，所以芙蘿拉、小霞、小健就決定去找小智．這時在火之島的小智與皮卡丘要離開時遇到火箭隊，而就在火箭隊要強奪皮卡丘時，芙蘿拉一行人剛好來到。芙蘿拉與小智說話的同時，閃電鳥出現在火之島，就在皮卡丘用它的電擊與閃電鳥說話時，壞人出現了，它把閃電鳥的能源吸收后就抓了閃電鳥，連同小智一行人也被抓了。到底小智等人會如何呢？ 之后三神鳥和洛奇亞大打出手，被洛奇亞的空中爆破一掃而盡！
2000年.結晶塔的帝王
小智的口袋妖怪與炎帝展開了激烈的戰斗，但終究是不禁K，幸虧此時為了幫助小智的噴火龍及時趕到，利用強大的火焰攻擊與飛行能力不斷攻擊，但最終炎帝還是憑借著未知圖騰神奇的力量打敗了噴火龍，就在要解決噴火龍的一瞬，小莉終于醒悟阻止了炎帝，正在這一切向大結局發展的時候，未知圖騰卻因失去了小莉的意識而暴走了！炎帝幫助小莉與小智他們一路脫逃，來到了未知圖騰的所在地，但所有的攻擊在未知圖騰群的精神力量下全都無效。最后，炎帝舍身攻擊，在小莉信賴的意識下終于打亂了未知圖騰的活動。結晶城恢復了原樣，小莉的爸爸媽媽也回來了，只是那存在又消失了的炎帝，到底是真身還是一個瞬間的幻影呢？我們不得而知……
2001年.雪拉比穿越時空的遭遇
在電影開始開篇，場景被設置在40年前的一片大森林中。一個叫小羽的男孩想進去那個森林去畫畫,在森林內,小羽遇到了被神奇寶貝獵人追捕并受重傷的雪拉比,當他們被神奇寶貝獵人追的走投無路的時候,雪拉比帶著小羽到了40年后(也就是現代),正好小智他們在這森林里,他們救了小羽,小羽告訴了小智他們關于雪拉比的事,小智他們救了雪拉比,并和他成為了好朋友. 與此同時，火箭隊的三干部之一比夏斯也在尋找著并打算捕獵雪比拉。他 比夏斯擁有能將一切神奇寶貝變得兇惡的黑暗球，將雪拉比自小智他們的身邊奪走。為了拯救被比夏斯捕捉的雪拉比，小智與小羽拼命奮戰。可是，溫柔的雪拉比已經發生了很大的變化…… 激烈的對戰中，傳說中的神奇寶貝水君出現了！小智他們能否拯救雪拉比和森林呢！？
2002年.水都的守護神
傳說，從博物館的小偷開始…… 水都，小精靈水上沖浪比賽，拉提亞斯[2]想幫小智，結果小鋸鱷卻走錯方向。小霞以微弱差距獲得冠軍。 亞軍載小智等人游覽水都，并講述這個城市的美麗傳說。 發現桑蘭與莉奧的火箭隊，決定先她們一步，成為新的小偷NO.1。 桑蘭與莉奧追捕變成人形卡儂的拉提亞斯，小智英雄救美，拉提亞斯跑得無影無蹤。 小智等人參觀博物館，看到真正卡儂，小智上前搭話，被罵。小智一路追趕卡儂，又遇到了變成人形卡儂的拉提亞斯，被帶入神秘花園。 小智與卡儂和博物館的爺爺化解誤會，了解心靈水珠的美麗傳說，回去與小霞、小剛匯合。 桑蘭與莉奧行動開始！拉提奧斯為了救拉提亞斯被抓住，心靈水珠也被搶走。拉提亞斯變成人形跑去找小智求援，在小霞、小剛面前現出真實面目。 武藏小次郎依然肩負起跑龍套的重任…… 莉奧利用拉提奧斯與心靈水珠的力量開始發飆。 小霞、小剛被突然出現的鐵柵欄困住，小智與拉提亞斯勇往直前，擺脫復活的化石神奇寶貝的追殺，終于救出拉迪奧斯，但此時心靈水珠借由古代機器發動的巨大潮水即將摧毀城市…… 已是奄奄一息的拉提奧斯為了保護水都和妹妹而犧牲。 小智等人將心靈水珠放回原位。 最后，碼頭邊，卡儂(拉提亞斯，有爭議）送給小智一幅畫，并與小智一吻告別…… 當然還有，桑蘭與莉奧在牢中繼續研究著她們未來的小偷事業，武藏小次郎則繼續著他們未來的跑龍套事業……
2003年.七夜的許愿星
千年一次的彗星之夜里，愿望將會實現…… 立志成為出色的神奇寶貝訓練師的小智、小遙和小勝，帶著皮卡丘展開了新的旅程。為了觀看千年彗星出現的剎那，來到恩斯游樂場，并認識魔術師巴特勒與戴安。在魔術表演中，小勝聽到一陣細微的呼喚聲… 那是在“沉眠之繭″中沉睡了千年，可幫助人類達成愿望的神奇寶貝—— 基拉祈。在千年彗星出現的夜晚，如果遇到擁有純真心靈的伙伴便會蘇醒。為了讓基拉祈醒來，巴特勒請小勝當基拉祈的伙伴，果然，基拉祈從萬花鏡般的光芒中蘇醒過來。 雖然基拉祈只能停留短暫的七日就會再消失，但是頭一次擁有屬于自己的神奇寶貝的小勝，對基拉祈卻非常寵愛。充滿野心的魔術師巴特勒，因為知道基拉祈具有神奇的力量，便把基拉祈給搶走，并且想利用他來完成愿望。 不懷好意的巴特勒，他的愿望是什么呢？小智與小勝要如何克服困難，成功救出同伴呢？小勝與基拉祈又會面臨怎樣的生離死別呢？
2004年.裂空的訪問者 代歐奇希斯
四年前被烈空坐消滅的迪歐西斯，四年之后來到科技發達的拉羅斯市，而小智皮卡丘等人也來到這里，在那里，他們遇到了少年托伊，托伊因為四年前的事情留下陰影而不敢與寵物小精靈接觸（迪歐西斯的宇宙落下導致小精靈們的逃跑嚇怕了托伊）來到拉羅斯市的迪歐西斯是什么？托伊的心結能否解除？ 正當他們努力想讓托伊克服恐懼時，忽然，消失四年的迪歐西斯又再度出現！小智一行人和托伊也再次體會到迥然不同的驚異體驗和驚心動魄的冒險。在這極光般的舞臺中，烈空坐和迪歐西斯再度卯足全勁地互相激戰，可說是魄力百分百！究竟烈空坐和迪歐西斯的戰斗會如何？而迪歐西斯這次回來究竟要的是什么？最后又會發生什么令人意想不到的意外危機呢？
2005年.夢幻和波導的勇者
持續旅行的小智皮卡丘一行，訪問了流傳著“波導傳說”的城鎮。在城市的中心奧蘭多城，舉行著數百年前使用了<世界創始之樹>的力量中止紛爭的“波導之勇者－－亞倫”的祭典。小智與皮卡丘決定參加今年勇者對戰。激烈的戰斗之后，獲得了冠軍的小智當選為“波導之勇者”。城中舉辦了慶祝優勝者的盛大宴會。突然幻之寵物小精靈“夢幻”出現。然而夢幻卻帶著皮卡丘消失了身影。與此同時，“迷之寵物小精靈”“魯卡利歐”數百年前的封印被解開，在小智面前顯現了身影的！皮卡丘在哪？夢幻的目的是什么？還有，隱藏在魯卡利歐身上的過去和波導傳說的秘密是什么？ 帶著所有謎團，小智與魯卡利歐一起向著<世界創始之樹>開始了冒險。
2006年.滄海的王子
在這世界上海洋某處，即將誕生一只誰都不知道的傳說神奇寶貝。以廣大的海洋為舞臺，神奇寶貝史上最大的任務即將開始！在荒地迷路的小智一行人遇到了一位女性“廣美”，以水中神奇寶貝表演而出名的碼頭巡回團明星。 廣美是水之民的后裔，可以體會水系神奇寶貝的內心。小智等人便聽廣美訴說著水之民流傳已久的傳說。原來在海洋某處，水之民一族建造了“海之神殿-亞庫夏”，里面供奉隱藏著珍寶“海之王冠”。 但目前據說誰也沒看過這頂王冠的實體模樣。這時，追尋著傳說之謎的神奇寶貝援助員“杰克·渥克”(昵稱杰奇)出現了。原來杰奇正執行一項機密任務，那就是要把蒼海的王子──瑪納霏的蛋給安然送進神殿里。于是廣美和小智等人也協助這項任務。忽然這時！出現了有“魅影”之稱的海盜船長開來的大型潛水艦。原來魅影想要奪取王冠，借住王冠的神力來策劃征服世界。但是要解開王冠隱藏的謎團，似乎還需要靠瑪納霏的蛋。這時連火箭隊都想過來分一杯羹，造成了大混亂！ 為了抵制魅影的陰謀，杰奇開始用捕獲器借住許多神奇寶貝的力量，小智他們也拿出自己的神奇寶貝準備應戰。但畢竟對方的高科技潛水艦威力太強，頓時陷入危機！神秘的蛋此時發出燦爛的光芒，瑪納霏終于誕生了！隱藏于王冠珍寶里的秘密是？而瑪納霏的神秘力量又是？最后杰奇和小智等人的任務究竟能不能圓滿成功呢？！現在，準備朝向海之神殿-亞庫夏，目睹這精采的冒險吧！
編輯本段2007年.迪亞路加VS帕魯奇亞VS噩夢神
決戰時空之塔 迪亞路加VS帕魯奇亞VS噩夢神
為了參加下一個小精靈競技賽，小智一行來到了阿拉莫斯鎮，在那里遇見了一位名叫艾麗絲的可愛少女。艾麗絲帶他們參觀了小鎮的標志建筑－－時空之塔和水樹相映成趣的美麗庭園。抱著觀光的心情而去的小智一行卻偶然遭遇庭園被不明生物襲擊的事件。這個小鎮有權有勢的艾伯特男爵也出現在那里，他一口咬定這是傳說中的小精靈－－達庫萊伊所為。不久，達庫萊伊突然從可怕的幻影中現身于小智等人的面前。 未知的小精靈，達庫萊伊，它到底從何而來？正當那時，迪亞路加和帕魯奇亞在時空夾縫中的戰斗蔓延開來。 強大的力量相互沖撞，將空間撕裂。并且，從裂口正好能看見阿拉莫斯鎮的所在位置。在和迪亞路加的戰斗負傷的帕魯奇亞逃到了這個小鎮。但是，感覺到帕魯奇亞存在的達庫萊依立刻對它展開了攻擊。這時，追趕帕魯奇亞而來的迪亞路加也出現在阿拉莫斯鎮。被稱為神的兩只小精靈與達克萊依相遇之時，震撼時空的史上最強戰斗開始了。 即時強烈的沖擊讓阿拉莫斯鎮岌岌可危，不久便面臨崩潰的危機。“古狄的日記”中記載的預言即將成為現實。 小智等人能否解除這個危機呢！？結果達庫萊伊是敵人還是盟友呢？！“奧拉希翁”究竟是什么呢？！
編輯本段2008年.冥王龍與冰空的花束-雪米
冥王龍與冰空的花束
[反轉世界]...是存在于這個世界內部的鏡子般不可思議的世界。那個美麗而規則的世界，是冥王龍棲居的特殊空間。然而迪亞魯加和帕魯其亞的戰斗造成了時空的扭曲，反轉世界也因此完全被陰霾籠罩。由于自己的世界被污染而被激怒的冥王龍找到了迪亞魯加，并想將其拖入反轉世界中。 另一方面，在繼續旅行的小智和皮卡丘一行的面前出現了一個小小的，幾乎看不見的精靈。那是有[花媚]之稱的感謝神奇寶貝雪米。被卷入迪亞魯加和冥王龍的戰斗的雪米在千鈞一發之際從反轉世界逃出。小智一行帶著精疲力竭的雪米前往神奇寶貝中心。 雪米用心電感應將小智一行帶到了它的格拉西玳亞(グラシデア)花園，并告訴他們在這[格拉西玳亞之花]中隱藏著巨大的秘密。正準備離開神奇寶貝中心的小智等人遇到了前來捕捉雪米的火箭隊。而與此同時，神奇寶貝中心外的裝飾品的鏡面上出現了[次元旋渦]，將火箭隊、雪米連同小智一行人一起全部帶往了反轉世界。 從次元旋渦中脫出的小智一行人環顧四周，這里是倒立著一排排建筑物，空中處處漂浮著烏云的，廣大而不可思議的反轉世界。 就在這時，冥王龍突然出現，向雪米連續使出爆裂燃燒。就到冥王龍快要使出大絕技時，小智等人正要與冥王龍對抗，卻傳來制止之聲。說話者是名叫無限的學者，他告訴小智等人不可以讓冥王龍生氣。 正在小智一行在無限的幫助下向現實世界回返之時，企圖利用冥王龍的力量支配世界的，駕駛著高科技母艦[百萬力霸]的謎之青年－－ZERO出現了。和雪米一起繼續著探索格拉西玳亞(グラシデア)花園之旅的小智一行沒能逃過ZERO的追蹤。 ...前所未有的冒險之旅的高潮，等待著你的是超越想像的“美麗奇跡”!
2009年.阿爾宙斯 前往超克的時空
《阿爾宙斯 前往超克的時空》 在每年一部的《口袋妖怪》（又譯：《寵物小精靈》和《神奇寶貝》），作為系列的第12彈作品，與往常一樣，劇場版片名中會帶有一個神奇寶貝的名字，所以現在已經定名為神奇寶貝劇場版 鉆石&珍珠 《阿爾宙斯 前往超克的時空》日文：《アルセウス超克の時空へ》將于2009年7月18日起在全日本東寶系新片隆重上映！ 故事情節（第一回） 繼續旅行的小智一行來到了四周環繞著豐富自然景觀的河畔之城米琪那。這座城中有幾千年前的神殿遺址，小智一行向位于巨大巖山上的遺跡前進。巖山山頂有一片巨大的湖，遺跡就建在湖邊。小智一行陶醉在美麗的湖光之中。然而，湖面波瀾驟起，水上形成了龍卷風，向小智一行迫近。眼看就要被龍卷風卷起來的時候，忽有一位女子伴著[迪亞魯加，拜托你了！]的聲音出現。下一個瞬間，空間被割裂開，迪亞魯加的身影出現… 女子名叫西娜，是遺跡的守護者。據說她有和神奇寶貝心意相通的能力。西娜將小智一行引入遺跡，用時空儀逐一介紹了迪亞魯加、帕魯奇亞和騎拉帝納的空間，然后又開始將米琪那鎮的古老傳說娓娓道來… 一切要從上古時代，相傳創造了萬物的幻之神奇寶貝亞爾修斯為救許多神奇寶貝而撞向隕石的事情說起。 故事情節（第二回） 由于和隕石相撞，亞爾修斯陷入瀕死。原因是沖擊波使亞爾修斯失去了它持有的16個命之源。 一名叫達莫斯的男子找到了丟失的命之源并交給了亞爾修斯。為了感謝達莫斯的幫助，對米琪那的土地荒蕪感到同情的亞爾修斯用自己命之源中的水、草、地面、雷電和龍的力量取出做成‘生命寶玉’，并借給了達莫斯。達莫斯用生命寶玉帶來的亞爾修斯的力量使米琪那的土地變得富饒起來。 然而，達莫斯與亞爾修斯間就借給生命寶玉立下約定，‘到下次太陽消失的哪一天－－’意味著在下次日食出現的時候，達莫斯就要把生命寶玉交還給亞爾修斯。 相信了達莫斯的亞爾修斯借給了他生命寶玉，之后米琪那的土地逐漸變得濕潤，并豐收起來。然后，該把生命寶玉交還給亞爾修斯的約定的日子到來了…… 耳尖分叉的皮丘和皮卡丘色的皮丘 劇中出現的左耳耳尖分岔的皮丘。喜歡吃金葡果。不過為什么左耳耳尖分岔呢？據說是“天生的發型”，不過是否藏有其他的秘密呢？ 皮卡丘色的皮丘，其實就是閃光的皮丘，以耳尖分岔的皮丘的勁敵的身份登場，而且他也是在超克的時空中的禮物中代替耳尖分岔的皮丘的，因為在游戲中在皮丘的耳朵上加上個分叉并不是個簡單的工程。
2010年.幻影的霸者佐羅亞庫
今年第13部《幻影的霸者 佐羅亞庫》同時也是《口袋妖怪 鉆石&珍珠》系列的第4彈，在最新作中，從未見過的新口袋妖怪“佐羅亞”與能自在操控幻影的“佐羅亞庫”將首度登場 ，幻之口袋妖怪“雪拉比”和傳說的口袋妖怪“雷公”、“炎帝”、“水君”也將活躍於大螢幕上。 出現的炎帝、水君、雷公分別對城市的襲擊，雪拉比被一群鐵面忍者追逐，反派人物登場，ゾロア的出現。另外，ゾロアーク亦可分別變成炎帝、水君、雷公以及小智的樣子。 旁白臺詞說到：包圍世界的「時間波紋」的能量，那時雪拉比看到的未來是…！？ 王冠市是個水與綠茵、古街道與近代建筑完美調合的城市。為了觀看正在這里舉辦的『神奇寶貝足籃世界杯』，小智一行人向王冠市前進。 在旅途中，小智們與正在尋找同伴的神奇寶貝『索羅亞』相遇，并一起結伴同行。 就在此時，被稱為『佐羅亞庫』的神奇寶貝竟然化身成為雷公、炎帝、水君的模樣，在王冠市的街道上大搞破壞。 就連相隔了20年再度回到這座城市的雪拉比，也面臨了危險……王冠市到底面臨著什么樣的危機？幻影的霸者『佐羅亞庫』的身份究竟是？雪拉比的命運又會如何？小智和皮卡丘是否能夠解救城里遭遇危險的神奇寶貝們？ 人物介紹： 克林克斯?寇泰（コーダィ）：大企業寇泰網絡的社長。被稱為知道未來的男人，懷抱著野心。 莉歐卡（リオカ）：冷靜知性的女性。寇泰的秘書。 庫魯特（クルト）：王冠市出身的新聞記者，在追查寇泰的秘密。 普爾芙（プルーフ）：Pokemon足籃世界杯隊伍，天鋼戰斗者的支持者。 古恩（グーン）：長相可怕的保鏢。寇泰的部下。
2011 維庫蒂尼與黑色英雄
2011年.維庫蒂尼與黑色英雄《口袋妖怪》系列最新一季的電視動畫《口袋妖怪：Best Wishes》以最 推出的口袋妖怪游戲系列《口袋妖怪：黑/白》為故事舞臺，而目前，這次動畫的2011年夏季電影動畫也正式公布了。這次劇場版電影動畫名為《劇場版口袋妖怪：Best Wishes 維庫蒂尼與黑色英雄》。 從標題上可以最初看到的，是編號000的新妖怪“ビクティニ”（維庫蒂尼 victory），與“黑色英雄”兩個名稱，從黑色英雄上看來，似乎就會第一聯想到黑色的神獸“ゼクロム”，那么這次劇場版會否就是以這兩只妖怪作為主人公呢？ 口袋妖怪劇場版 中文暫譯名：維庫蒂尼與黑色英雄 日文官方名稱：ビクティニと黒き英雄 上映時間：2011年秋季（日） 劇場版海報神奇寶貝官方網站公開了2011年夏季公開的神奇寶貝電影版，也是第一彈劇場版『神奇寶貝：Best Wishes』 神奇寶貝黑白劇場版“ビクティニと黒き英雄”。