第一、太平天國運動發生在19世紀中葉1851年——1864年中國南部地區，國內階級矛盾空前激化的背景下，義和團運動發生在19世紀末1899年秋-1900年9月中國北部地區，民族危機嚴重的背景下。

第二、太平天國運動有統一的領導、綱領、組織，而義和團無統一的領導、綱領、組織。

第三、太平天國運動是一場反帝反封建的農民戰斗反對帝國主義主要反對清政府,義和團運動的性質是農民階級的反帝愛國運動，矛頭主要指向帝國主義，反對帝國主義不反對清政府。

第四、太平天國運動不排斥西方外來思想，義和團運動盲目排外。

第五、太平天國運動建立了政權，規模巨大。而義和團運動并未建立政權，依靠清政府。

太平天國歷時14年，利用西方宗教發動起義、反對資本帝國主義的侵略，并提出了一整套綱領、制度和政策等。而義和團以“扶清滅洋”為口號，主要針對西方侵略者及其在華附庸，是具有強烈的樸素的愛國主義思想的完全由民間自發的暴力運動。

綜上：依靠清政府沒有任何的獨立性是義和團最大的缺點，也是它失敗的根本原因，義和團運動雖然是愛國運動，但這并不能掩蓋義和團本身其實是比清朝封建社會更加落后更加愚昧的一種組織方法。沒有明確的綱領，團結的組織機構，和分工明確統一的領導層，所以義和團雖然發展迅速，卻無法成為第二個太平天國