郭松齡發動的反奉叛亂，對于奉軍來說損失非常大，不僅僅只是賬面上的損失，可以說基本已經把奉軍的主心骨給打沒了。
就整個奉軍的情況來說，在經過了1925年的整編之后全軍有6個軍團，總共有20個師、7個步兵旅、2個騎兵旅外帶2個炮兵旅。6個軍團的軍團長分別為：第一軍團姜登選，第二軍團李景林，第三軍團張學良，第四軍團張作相，第五軍團吳俊升和第六軍團許蘭洲。六個軍團總兵力為20萬人，是奉軍中的精銳，也是整個奉軍的主心骨，是奉軍起家的本錢。
雖然后來奉軍入關，占領了華北大片地區，也收編了大約20萬軍隊，但是收編的20萬人與奉軍起家的這20萬人完全不能比。收編的部隊基本是屬于打不過奉軍便投降了奉軍的部隊，無論是對張作霖的忠誠度還是軍隊的訓練、裝備來說與奉軍的六個軍團都不在一個檔次上。而且這些軍隊一旦遇到情況不好的時候，會隨時投降別的軍閥，之所以加入奉軍，只是因為當時的奉軍很強大，依附于強大的勢力自身也好生存。這樣的部隊張作霖自然是不會放心的，一旦遇到激烈的戰事，說不準就叛變了。
比如加入奉系的直魯聯軍，其司令張宗昌就是一個墻頭草兩邊倒的人，先是投靠了馮國璋，后來又投靠了曹錕，最后才投靠了張作霖，每次轉變立場，都是為了擴張自己的實力。其人被稱為“三不知”將軍，即不知道自己有多少槍（部隊），不知道自己有多少老婆，也不知道自己有多少錢。對于這樣的將軍，其部隊的戰斗力就可想而知了，在歷次的軍閥混戰中，張宗昌也是著名的常敗將軍，打仗很少贏過。
所以一旦遇到強勁的對手，如當時勢力強勁的直系吳佩孚、孫傳芳或是馮玉祥、閻錫山這樣的大軍閥，還是要靠自己在東北的老班底來打。硬仗、惡仗是指望不上那些雜牌軍的。
而在張作霖的六個軍團中，無疑張學良的第三軍團是實力最強的，這也緣于張作霖一直要培養張學良接自己的班。張學良就是張作霖的太子，對于太子自然是要精心培養了，所以把最強的部隊交給張學良，一來是要鍛煉培養張學良的能力，二來也是要培養張學良的勢力，以后張學良接班了以后，手上有自己的勢力也能鎮住整個奉系的場面。
就兵力來說，第三軍團有6萬人，占了六個軍團的30%。一般來說，當時一個軍團下轄2個師，只有張學良的第三軍團特殊，有東北陸軍第四、五、六、七、十、十二等六個師。并且這些都是東北軍中最為精銳的部隊，每個師裝備的輕重機槍多達千挺，這個裝備水平是當時國內其他軍閥都沒法比的，在國內來說也只有日本關東軍能與之匹敵。此外，第三軍團配有完備的炮兵旅，為軍團提供了強有力的遠程火力支持。還有完善的騎兵旅和工程營，提升了整個部隊的后勤和快速反應能力。更為重要的是，第三軍團還集中了當時奉軍中的精英人物，郭松齡本人就不說了，如第五師師長趙恩臻、第七師師長高維岳、第十師師長齊恩銘等，都是奉軍中的悍將。
▲張學良將第三軍團完全交給了郭松齡
當然，之所以會把如此重要的部隊交給張學良，對于張作霖來說也是因為張學良是他兒子，兒子怎么說也不至于會叛變老子，但是張作霖應該做夢都不會想到，親兒子帶領的部隊也會叛變，還差點要了他的老命。
那么奉系在賬面上的損失有多少呢？
首先是第三軍團反叛的直接損失。郭松齡之所以能夠發動第三軍團反奉，主要業是因為張學良對他的絕對信任，將軍隊基本都交給了郭松齡，所以郭松齡得以在反叛的時候順利控制第三軍團，并以此為反奉的本錢。在戰前，郭松齡就與李景林和馮玉祥結成了反奉聯盟，一開始的時候計劃十分順利。
按照計劃來說，馮玉祥在外圍對張作霖展開進攻，李景林提供后勤，郭松齡率軍越過山海關直攻張作霖的老巢沈陽。開戰后，馮玉祥進攻熱河，牽制住了奉軍的湯玉麟、闕朝璽部以及第五軍團一部。在郭松齡叛變的時候，恰好第四軍團長姜登選在灤州，被郭松齡扣押，郭松齡策反不成后將姜登選槍殺，第四軍團由韓麟春接任，退守奉天。張作相的第五軍團是抗擊郭松齡部的初期主力，但戰斗力與郭松齡的第三軍團比起來相差甚遠。吳俊升的第六軍團遠在黑龍江，一時也來不及調回沈陽了。
在張作霖兵力空虛的情況下郭松齡很快就占據了山海關，攻下了錦州，大軍直逼張作霖老巢沈陽。到了這個時候張作霖可以說的上已經陷入了四面楚歌的境地，也一度有了下野的打算。
可就在這個關鍵的時刻，郭松齡的反奉聯盟出了問題。首先是馮玉祥，他其實是想乘火打劫，在進攻熱河的時候順便也跟李景林爭奪起了京津地區，結果就是反奉聯盟中的馮玉祥和李景林不但沒有一致對抗張作霖，反而自己先打了起來，反奉聯盟瓦解。其次在于反奉聯盟瓦解后，郭松齡失去了大后方，不得不分兵駐守山海關一線，以防后路被抄。最后在于日本方面，張作霖在危急的情況下答應了日本人的“二十一條”，盡管條件非常苛刻，不過張作霖也只是權宜之計，后來日本人要求兌現的時候張作霖也一個都沒有兌現。在日本人的幫助下，張作霖的第六軍團得以通過滿洲鐵路迅速集中到沈陽附近，加強了沈陽的守備。同時張作霖也發動了自己能夠發動的全部老本，包括奉軍中最精銳的教導隊組成了一個旅的兵力，同時張作相、張學良、韓麟春等將領也將手中能調動的部隊全部集中到了沈陽附近。為了加強炮兵，張作霖不惜將東北兵工廠的火炮技師也拉了出來，甚至連空軍也一起出動了。
后勤方面，張作霖拿出了大量的棉被、食物和大洋犒賞三軍，鼓勵他們奮勇作戰。反觀當時的郭松齡部，由于后勤被斷，軍隊已陷入了缺衣少食、彈藥不足的境地。再加上張學良在這個時候也展開了策反攻勢，表示奉軍不打奉軍，最終郭松齡部在張作霖的大炮、飛機一頓狂轟濫炸下崩潰，正所謂兵敗如山倒，郭松齡很快就大勢已去，在逃亡的路上被俘。
此戰下來，郭松齡的第三軍團損失了三萬精銳，與郭松齡對戰的張作相等部隊損失更是達到了四萬人，李景林在與馮玉祥的爭斗中損失萬余精銳。此外郭松齡下屬的悍將魏益三率兩萬奉軍投降了西北軍，從賬面上來說，奉軍至少損失了五萬精銳和十多萬雜牌軍。戰前奉軍擁有20萬起家的部隊和20萬雜牌軍，在戰后，兵力總數可說是被腰斬了。
至于造成的影響，就不是賬面損失那么簡單了：
1、張作霖在戰到最關鍵的時刻答應了日本人的“二十一條”，以此作為權宜之計獲得了日本人的支持。而在日后張作霖出于愛國的情緒，并沒有兌現日本人，就導致了日本人暗殺張作霖的“皇姑屯”事件，這一事件導致了張作霖的死亡；
2、此戰之后奉軍實力大損，張作霖失去了對新派士官的信任，轉而重用張作相、吳俊升等舊派將領。郭松齡作為新派軍官的領袖發動叛亂，戰后新派軍團自然就沒什么好果子吃，基本被清除出了奉軍，即便留下的，也失去了帶兵的資格，奉軍戰斗力也因此下降；
3、戰前奉軍擁有姜登選、郭松齡、韓麟春、李景林、張宗昌等五虎將，這一戰下來，姜登選和郭松齡直接死于戰爭，李景林因為參與反叛而失去了張作霖的信任，后來脫離了奉系，五位最重要的將領一下子少了三個；
4、 導致張學良在東北軍中的威望下降。這點也很好理解，第三軍團是張學良的直系部隊，連自己的直系部隊都控制不好，奉系中的元老自然是對張學良嚴重不服了。如果張學良能控制好第三軍團，在張作霖死后也能順利上位，可是在這一戰后，元老們認為張學良沒有掌控奉系的能力，也就導致了奉系內部的撕裂；
5、作為此次叛亂的副產品，導致了日后奉系大佬楊宇霆之死。如果張學良能順利繼位，郭松齡將會成為他的左膀右臂。可是這一戰后，失去了郭松齡，在張學良上臺后由于沒有制衡楊宇霆的下屬，為了控制奉系便只能處死楊宇霆。
可以說，郭松齡的反叛，不但造成了奉系元氣大傷，也嚴重影響了奉系內部的勢力格局，造成了奉系的衰落。此后奉系失去了與其他軍閥爭奪中原的實力，勢力范圍被限制在了東北地區，直至最終覆滅。