您好，我是致力于家居生活的井坑孔洞溝，很高興可以為您解答。
套內40㎡的房屋，基本上都被歸類為小戶型范疇。題主提供的戶型圖可能是已經被改造過的，一般這種房型，空間布局多數都是一居室的，而且這個布局不怎么合理，初始戶型很難見到這樣的，所以我估計，這個是已經經過改造的戶型圖了。
題主的要求有四個：兩個臥室；陽臺處于客廳空間內；每個房間都要有窗；盡可能多的收納空間。針對房屋戶型特點和題主的要求，我們就來看看，有什么辦法可以解決。
房型特點
老規矩，先分析戶型。典型的槍型戶型，劣勢確實不少，但是也是有一定的優點存在的，下面咱就簡單的說說。
整體方正度比較差。轉角和異形部分相當的多，有些空間很難達到有效利用。
房屋朝向不理想。房屋是西南邊戶，而且整體方向朝西，會有比較嚴重的西曬問題。
通風條件較差。這套住房不通透，而且除兩個臥室窗子之外，其余窗扇面積都比較小，而且與西側窗戶很難形成空氣無阻礙流通，房屋整體通風能力不好。
客廳位置不理想。可供客廳采光的窗子距離客廳的距離是比較遠的，這樣客廳的自然采光條件就會大打折扣；而且入戶門直對客廳。
廚衛面積比較緊張。廚房和衛生間的面積都很小，其空間布置設計壓力非常大。
臥室A存在較大的異型部分。臥室A的異型飄窗部分對于室內布置是一個較大的限制，這就使得將近12㎡的房間，實際可有效利用的空間并不多。
陽臺為內凹陽臺。臥室B的陽臺是內凹陽臺，可以封裝內包作為室內擴展面積。
廚衛距離比較近。廚房和衛生間的距離很近，可以共用一個熱水器，而且不會存在較長的熱水等待時間。
廚衛都有窗。廚房和衛生間都有窗子，雖然窗扇面積不大，但是有效緩解了廚房和衛生間的通風壓力，避免潮氣累積造成室內空間潮濕發霉。
室內幾乎沒有承重墻體結構。房間墻體都是非承重墻體，大概率是都可以進行拆砸的。
總的來說，這套房屋的戶型并不是很理想，重新設計布局也是比較困難的。但是也不是完全沒有辦法，下面就說說具體的改造方案。
戶型改造方案
題主提出的要求，對于改造的限制是非常大的，因為窗扇的位置我們無法進行更改，所以房間的位置也很就是那么兩個地方。所以，首先保證每個房間都有窗，至于客廳是否與陽臺相連，還有待斟酌。下面說說我所想到的兩個方案吧。
方案一
這個方案的思路就是將衛生間旁邊的窗子位置作為新的房間。將衛生間西墻和北墻完全拆砸掉，以衛生間東墻為準，向西擴展1.2m左右重新砌筑衛生間西墻，長度與廚房北墻平齊，在北側重開衛生間門洞做推拉門；以新砌筑的衛生間西墻為基準，向西擴張2.2m左右砌筑新房間的西墻，長度也是與廚房北墻平齊，并在北墻上開房門；原臥室B房門改到房間北墻上；將原臥室A陽臺封裝內包，作為室內擴展面積，然后將原臥室A位置變為客廳。
在室內布置方面，新做的房間位于衛生間西側，面積有6㎡僅有，在這個空間內布置獨立家具是比較困難的，所以個人建議在這個小房間整體定制榻榻米，以提高收納能力。臥室B形成的墻面凹進處定制收納柜，飄窗位置可以依據實際窗扇尺寸來做些收納柜來緩解收納壓力。
這個方案基本上可以滿足題主的改造要求，而且衛生間的實際使用面積會得到一定的增加，可以達到3㎡以上，一般的衛生間基礎設施都能放得下。缺點就是形成較長的過道，基本上什么都做不了，頂多可以利用過道墻面做些頂柜用作收納。
方案二
這個方案是對原戶型的優化改進，主要是改進客廳的使用條件，緩解客廳的空間布置壓力。將臥室A的陽臺封裝內包，然后將臥室A和臥室B整體向南縮進900mm左右，房門分別改到房間東墻的南側和北側上，預留出電視墻所需的長度尺寸空間；衛生間改造與方案一相同，將新衛生間西墻作為客廳的沙發墻，這就使得客廳整體變更朝向，并且可用面積尺寸也能得到增加。
在這個方案中，臥室A因為是異型房間，所以要整體定制榻榻米來保證最高的空間利用率和收納空間最大化；臥室A也仍然有8平米左右，常規布置不會有太大的壓力。
這個方案使得客廳位置更加合理，而且原本不好的采光條件限制得到有效解決。缺點就是臥室B和臥室A的面積有所犧牲，而且臥室B除了做榻榻米之外，很難以其他的布置方式達到有效利用；對于題主提出的第一個條件無法滿足了。
總結
這個戶型，想要保留陽臺的話，做出合理的改造是比較困難的。可能題主要保留陽臺的目的就是要解決衣物晾曬的問題，對于這個問題，個人建議采用折疊晾衣架或是窗外晾衣架來解決。
戶型改造，最需要格外注意的就是樓體結構形式和墻體結構的問題，如果是樓體是框架結構的，室內非鋼混結構形式的墻體基本上都是可以進行拆砸的；但是，如果樓體結構是磚混結構，也就是我們常說的板房，那么我就不建議做大范圍的布局改動了，因為磚混房屋，每面墻都可能是承重墻，大范圍拆砸是非常危險的事情。
所以，在進行戶型改造工作之前，一定要確認好室內的墻體能否進行拆砸，避免出現意外。
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