八國聯(lián)軍撤軍后，慈禧沒有懲罰不進京勤王的東南督撫。
不懲罰的原因有三點。
首先，慈禧手上無兵可調(diào)，她想懲罰也沒有懲罰的能力。
八國聯(lián)軍侵華之前，清政府組建了一支武衛(wèi)親軍，一共分為五部。這五支部隊的領導人分別是榮祿、宋慶、袁世凱、聶士成、董福祥。其中，榮祿的部隊被八國聯(lián)軍全殲；聶士成的部隊被宋慶收編，聶本人則戰(zhàn)死在天津前線；甘軍董福祥部因為殺洋人太狠，被聯(lián)軍列為黑名單，戰(zhàn)后被強制解散。
而新建陸軍的統(tǒng)帥袁世凱是東南互保的參與者之一，毅軍的宋慶又跟袁穿一條褲子。慈禧拿他倆也是沒辦法。（毅軍和北洋新軍有很多軍官都是拜把子兄弟，比如張勛）
因此，《辛丑條約》后，慈禧實際上是一個光桿司令。她可以以太后的名義繼續(xù)號令東南督撫，但她要想治東南督撫的罪責，就已經(jīng)沒有知罪的能力了。
第二、由于慈禧向洋人認錯，因而東南互保在名義上是合法的行為。
慈禧向八國聯(lián)軍宣戰(zhàn)時，李鴻章抗旨的借口是：“此亂命也，粵不奉詔”。（借口朝廷的宣戰(zhàn)詔書是奸臣脅持太后所下的偽詔）
此借口一出，兩江總督劉坤一、湖廣總督張之洞、閩浙總督許應骙、山東巡撫袁世凱等人立即響應。紛紛說慈禧是受奸人所逼才下的偽詔書。
后來八國聯(lián)軍殺入北京，要砍慈禧腦袋，李鴻章在談判時力爭，說太后是受奸人所逼才下的偽詔，她也不想開戰(zhàn)。此時的慈禧只能附和李鴻章的說辭，否則她是自打臉，聯(lián)軍絕對不會放過她。
PS：事后，慈禧以“庚子之變，顧全大局，保障東南，厥功甚偉”為由，嘉獎兩江總督劉坤一，賞加太子太保銜，湖廣總督張之洞賞太子少保銜。這實際上，就是她給東南互保這一事件定了性。
第三、互保九省的盤根錯節(jié)，勢力太大。慈禧不僅不能動他們，而且還要利用他們。
互保九省督撫，基本上是穿一條褲子的。
兩廣總督李鴻章是淮軍領導人；
兩江總督劉坤一是湘軍出身；
湖廣總督張之洞與湘淮兩軍的關系都很好；
鐵路大臣盛宣懷的父親盛康是湘軍胡林翼的舊部，盛宣懷本人與李鴻章的關系也不是一般的好；
山東巡撫袁世凱是淮軍舊部；
閩浙總督許應骙的族叔許祥光曾與湘軍江忠源一起鎮(zhèn)壓過太平天國；
安徽巡撫王之春曾跟隨曾國藩、李鴻章參與鎮(zhèn)壓過太平天國起義；
參與互保的督撫中，也就廣東巡撫德壽和浙江巡撫劉樹棠與湘淮兩軍沒啥關系。但他們兩人位卑言輕，實際上也沒有話語權。
也就是說，東南互保的這些人，多多少少都有點關系，是綁在一條繩子上的螞蚱。如果慈禧動了他們中間的一個，怕是其它督撫分分鐘要造朝廷的反。
這種分分鐘要散攤子的節(jié)奏，慈禧是心知肚明的。所以，她對東南九省督撫的態(tài)度就是一個字“穩(wěn)”——先穩(wěn)住再說。
事后，除了閩浙總督許應骙和安徽巡撫王之春被免職外，其余都沒有被罷官。而許應骙和王之春被罷官，也是因為別的事，跟東南互保無關。
另外，《辛丑條約》簽訂后，清廷已經(jīng)風雨飄渺，不得不進行改革（清末新政）。而參與東南互保的幾位督撫都偏向于改革，是推動慈禧改革的中堅力量，需要加以拉攏。因此清廷要搞“新政”，就不得不繼續(xù)倚重參與東南互保的幾位督撫。否則，慈禧連幫她推行改革的人都沒有。
PS：李鴻章、張之洞、劉坤一都是洋務派代表；袁世凱編練過新軍，是改革派；盛宣懷辦過鐵路郵政，也有改革經(jīng)驗。相比較之下，慈禧之前重用的人，比如載漪和剛毅等人，都是極端保守派，完全不懂新政，慈禧留他們沒用。
綜上所述，八國聯(lián)軍撤走后，慈禧不能、不敢、也沒有必要追究東南互保督撫的責任，所以在這件事情上，她也就忍了。
至于東南互保十位督撫的結局，這里簡單做個敘述。
李鴻章：庚子國難期間，由兩廣總督調(diào)任直隸總督兼北洋大臣，擔任與八國聯(lián)軍談判的全權代表。簽署《辛丑條約》后不久，因胃血管破裂，于1901年病死在北京。
劉坤一：事后繼續(xù)擔任兩江總督兼南洋通商大臣。并且還因東南互保有功，被加封為太子太保。1902年，病死在兩江總督任上。
許應骙：繼續(xù)擔任閩浙總督一職。但很快就遭到御史彈劾，說他在任期間碌碌無為，搞得福建積弊甚深。慈禧對其嚴重不滿，罷免了他的職務，將其開缺回原籍。最后許應骙于1903年病死在了老家廣州番禺。
德壽：滿族人，時任廣東巡撫。李鴻章北調(diào)直隸總督后，他代理李鴻章的兩廣總督，病逝于1903年。
王之春：時任安徽巡撫，事后被平調(diào)至廣西擔任巡撫。在廣西期間因為賣國（將廣西的出路權和礦權低價轉讓給法國），引起諸多國人的憤恨。為了平息輿論，慈禧將其革職查辦。1906年，王之春病死在老家衡州。死后朝廷追授其為光祿大夫和建威將軍，由正二品升為正一品） 。
盛宣懷：因保護東南地方有功，被慈禧賞加太子少保銜。慈禧臨終前，盛宣懷被任命為郵傳部右侍郎。
劉樹棠：時任浙江巡撫（署理），其后事跡不詳。
張之洞：被委以重任，但由于權力太大，被慈禧架空，調(diào)至京城。慈禧臨終前，張之洞官至體仁閣大學士、軍機大臣。
袁世凱：被委以重任，但由于權力太大，被慈禧架空，調(diào)至京城。慈禧臨終前，袁世凱官至軍機大臣兼任外務部尚書。
總的來說，慈禧對參與東南互保的督撫都沒有懲罰。不過，慈禧不懲罰他們，不代表她對東南互保這件事情沒有意見。
1904年，慈禧在李鴻章、劉坤一、許應骙三人病死后，委派她的鐵桿心腹鐵良以江南制造總局遷移為契機，完成了“劃一營制”與籌措軍餉的任務，打破了東南督撫對東南地區(qū)財權和軍權的壟斷，瓦解了東南互保。
PS：“劃一營制”的意思就是將全國武裝力量的編制統(tǒng)一，實際上就是剝奪了東南九省督撫的兵權。尤其是湘軍和淮軍最受打擊。不過這個改革對袁世凱沒有影響，因為他的北洋新軍是清末新軍的“模版”。所以鐵良南下后，東南諸省實力都大損，只有袁世凱的實力不減反增。