朱棣肯定不會下達殺、逮捕朱允炆的命令。朱棣要繼承大統，朱允炆是朱元璋明確指定的繼承人，朱棣造反的理由是“清君側”，因為朱允炆的政策違反太祖舊制，所以要幫他侄子清君側。如果朱允炆老老實實待在金殿等著朱棣，無外乎兩種結果：
一、朱棣以皇叔父的名義攝政，進而掌握朝權，待穩定政局以后，要么自己禪位，最后莫名其妙死在軟禁之地；要么就是第二個高貴鄉公曹髦，被朱棣手下殺掉。
二、朱棣在知道朱允炆在大殿端坐的情況下，暗示（事實上并不需要）某位大臣入宮覲見，請求皇帝出皇城慰問大軍，此時應天城內一片混亂，隨時隨地都會有意外發生。朱允炆在出宮后，被亂匪行刺。朱棣進而順理成章的為侄子報仇，然后在大臣的勸進聲中，開啟永樂王朝。
朱允炆在金陵城破的剎那間，有若干選項：一、投降祈生；二、自持身份，拒絕投降，最后被亂兵殺害；三、端坐殿上，靜候處理；四、逃跑。前三個選項，不論哪一個最后都免不了被朱棣找理由除掉。唯獨這最后一個逃跑，讓朱棣在龍椅上一直不安穩。
朱棣打進北京城的時候，如果朱允炆不逃跑，而是坐在龍椅上，笑瞇瞇地看著朱棣打進去。那么朱棣將怎么安置朱永文呢？他敢不敢殺掉朱允炆呢？
這是一個十分有趣的話題。歷史并沒有這種情況如期發生。但假如真的發生了，那將是一種怎樣的場景呢？
我認為，朱棣打進北京城的時候，朱允炆如果真的還坐在龍椅上，朱棣真的是不知道該怎么辦。可以肯定的是，他是不敢殺朱允炆的。
朱棣為什么不敢殺朱允炆呢？
因為朱允炆是皇帝。這一點，朱棣是不敢否定的。如果他否定了這一點，那也就意味著他否定了他的父親朱元璋。因為朱允炆的皇位是他的父親朱元璋給他的，而不是他私自奪取的。無論如何？朱棣不敢否定這一點。
如果朱允炆這個皇帝沒有問題，朱棣要是敢殺朱允炆，那就是一種以下犯上弒君作亂的做法。顯然，朱棣是不敢弒君的，這在古代是一種大罪，是會被史官記錄在反面教材里的。
歷史上曾經發生過的“崔杼弒君”的故事，已經準確而又生動地表明了古人的觀點。一個人大臣無論有多么大的理由，一個君王無論多么昏庸，這個大臣都是不敢殺君王的，殺了君王，就是一種大罪，就必須被釘在歷史的恥辱柱上。
所以說，假如朱允炆坐在龍椅上，朱棣根本就不敢殺他。
既然朱棣不敢殺朱允炆，那么，當初他是用什么理由，來表明他造反的正當性的呢？
他的理由是，朱允炆身邊出現了奸臣，他要進京清君側。皇帝身邊出現了奸臣，身在外地的藩王進京清君側，這是有歷史傳統的，也是有正當性的，沒人會覺得這個做法不對。
再一點，當年朱元璋老人家在《皇明祖訓》里，也做過這樣的記載。他也說了，如果皇帝身邊出現了奸臣，藩王是有權進京幫助皇帝誅滅這些奸臣的。這是朱元璋當年為了保住老朱家的江山不變色，做的一項保險措施。朱棣正是嚴格執行朱元璋老祖宗這項命令的。
所以，當朱棣打進京城，而朱允炆還安安穩穩地坐在皇位上的時候，朱棣確實非常的麻煩。他肯定不敢殺朱允炆。不敢殺朱永文，他還必須把朱允炆捧起來，讓朱永文繼續當皇帝。同時，按照朱元璋的《皇明祖訓》，他在“清君側”行動結束以后，就必須立刻返回藩王，繼續當他的藩王。
但我們知道，朱棣肯定是不可能這樣做的。一方面，因為朱棣本來就想當皇帝。如果殺掉幾個所謂的“奸臣”后他就回藩國了，那么朱棣不就白忙活了一場嗎？另一方面，朱棣也不可能真的就回來。因為如果他真的從京城回到地方上，那也就意味著，朱允炆對他的反攻就開始了。接下來，朱允炆可能會重振旗鼓，追殺朱棣。他會說，根本就沒有什么“清君側”，都是朱棣犯上作亂。對于犯上作亂的朱棣，必須要殺掉他。
總之，朱棣怎么做，都是個麻煩事。
所幸的是，朱允炆并沒有坐在皇位上，而是自焚了。或者按照有些歷史研究者猜測的那樣，朱允炆逃走了。
朱允炆沒有坐在龍椅上，給予了朱棣極大的方便，讓朱棣從容不迫地坐龍椅。朱棣為什么這時候可以坐龍椅呢？因為朱允炆已經不在了，朱允炆的太子也被燒死了。顯然，皇位就在老朱家選。最好的辦法，就是朱棣當皇帝。
不過，這件事，其實我們是應該反過來想一想的。朱允炆真的是自焚或者逃走了嗎？可不可能是朱棣動了一些手腳。也就是說，是不是朱棣暗中把朱允炆殺掉，然后謊稱是朱允炆自己干的呢？
我們必須注意到，朱棣并不是在強攻下打進北京城的，而是在谷王和李景隆這兩個人的幫助，朱棣才進去的。這兩個人本來和朱允炆是很親近的人，他們要想害朱允炆，其實是非常容易的。那么，會不會是這兩個人提早殺掉了朱允炆，然后再點火燒了皇宮，假裝是朱允炆自殺，從而給朱棣打進皇宮，留下操作空間呢？
當然了，這只是一種猜測，并沒有相關的歷史根據。但是這種猜測，現在看來也是合情合理的。
反過來，如果朱棣打進北京城的時候，朱允炆還活著，朱棣也不是一點機會都沒有，他首先要以安全為由，想辦法留在北京城不回去。然后，他要通過各種手段，讓朱允炆“暴斃”，接著他才當皇帝。只是這樣做，朱棣就成了一個不折不扣的權臣奸臣，而且新的矛盾會引發天下新的不滿。那樣的話，朱棣就不容易坐穩江山了。
（參考資料：《明史》等）
當朱棣包圍皇宮的那一刻起，建文帝朱允炆的死已經成為必然，就算他不逃跑，坐在龍椅上等待朱棣破皇宮而入，與朱棣面對面對峙，也是必死無疑，正所謂天無二日，國無二君。
朱棣雖然從建文帝當上太子的那一刻起，就已經有了反心，但是卻沒有反的膽子，畢竟自己的實力與朝廷的實力相差太大，簡直就是老虎與老鼠之間的差別，想要以北平一城之力抗衡朝廷，那無異于找死。
可是在建文元年一月開始，朱棣就有了找死的心，因為建文帝對藩王下手了。第一個被削的藩王是周王，第二個被削的藩王是代王，第三個被削的藩王是岷王，第四個被削的藩王是湘王，第五個被削的藩王是齊王。
這五個王，除湘王自焚而死之外，其他的四位無一例外全部變為庶民。一下子從高高在上的藩王變為庶民，這是任何一個人都無法忍受的落差，朱棣也一樣。
事實上，朱棣不一定有變為庶民的機會，其他被削的藩王從未得罪過建文帝，而他在建文帝當太子期間，曾不顧大小之別，用手拍建文帝的后背。除此之外，在建文帝當皇帝期間，他曾經走建文帝才能走的路，站在大殿之上不拜建文帝。
沒得罪過建文帝的藩王被削成庶民，他得罪過建文帝，有很大的可能連庶民都當不成，迎接他的結局，必將是囚禁。朱棣原本就想造反，但是卻不敢，現如今建文帝逼著他造反，他只能奮力一搏，舉起“清君側”的造反大旗，發動歷經四年的“靖難之役”。
從朱棣進入南京的第一件事是祭拜朱元璋（意義在于報告朱元璋，清君側成功），第二件事才是包圍皇宮，逼迫建文帝自己寫下退位詔書來看，說明他是一個當了婊子又想立牌坊的人。
雖然他造反是事實，但是他造反打的旗號一直是“清君側”，現如今清君側成功，總不能不向朱元璋報告吧。
倘若建文帝不逃跑，無異于只有一種結局，死于戰亂。過程大概是這樣的，朱棣進入皇宮，以保衛建文帝的名義，押送靖文帝出皇宮，但是在沒有出皇宮的時候，命令手下給建文帝一刀，這樣就能夠制造出一個皇帝死于混亂的結局。
朱棣進入皇宮的時候，太監、宮女、后妃等等皇宮中的一切人物，為了逃命肯定會亂成一團，對外宣稱建文帝是死于混亂，雖然有的明白人不信，但是大部分的人都會相信，畢竟是官方所說的話，再加上也有一定的基礎。
有的人或許會說，難道朱棣就不會將建文帝囚禁嗎？可以肯定，建文帝絕對會死在皇宮，不會死在別的地方。建文帝不比他的弟弟，他的弟弟不是皇帝，而建文帝是皇帝，朱棣怎么敢囚禁皇帝。
雖然事實上他敢，但是為了堵住天下人的悠悠之口，他不敢。
《明實錄》記載，建文帝已經死于大火，但事實上，建文帝有很大的可能并沒有死于大火，而是逃出了皇宮。
“建文君欲出迎，左右悉散，惟內侍數人而已，乃嘆曰：“我何面目相見耶！”遂闔宮自焚。”——《明實錄》
第一、朱棣在埋葬建文帝的時候，用的是天子的禮儀埋葬。按道理來說，墓的規格應該是非常宏大才對，但奇怪的是，到明朝末年，人們已經找不到建文帝的墓在哪里。這有很大的可能是因為負責掃墓的人知道墓中葬的并不是建文帝，所以并不在意，而皇帝也不在意，所以造成了找不到墓的結果。
第二、建文帝總共有兩個兒子，第一個兒子叫做文奎，第二個兒子叫做文圭。文圭被朱棣囚禁，一直囚禁到明英宗年間，才被明英宗釋放出來。不到五歲被囚禁，被釋放出來時已經五十七歲，連豬、狗、牛、羊都不會認，話都不會說，沒過多久就去世了。
而他的哥哥文奎，之所以沒有被朱棣囚禁，不是因為朱棣大發慈悲，而是因為朱棣根本就沒有找到他。你說奇怪不奇怪？當時的文奎年僅七歲，七歲的孩童有自殺的想法顯然不可能，那么就只剩下了一種可能逃到了宮外。
既然文奎逃到宮外，那么建文帝自然也能夠逃到宮外。
第三、朱棣曾經跟左右的人說過，他在宮中一直找不到建文帝使用的那個玉璽，這個玉璽很有可能在建文帝自焚的時候燒壞了。這句話是記錄在《明實錄》當中的，而《明實錄》是由朱棣的子孫負責著作的。
這句不經意的話，卻透露出一個很關鍵的信息。如果說建文帝帶著玉璽自焚，玉璽不是人，肯定燒不壞，再怎么燒也會存留下來。再者說了，建文帝自焚，沒有必要帶著玉璽吧。
很有可能建文帝帶著玉璽逃跑到了宮外，他說他是皇帝，可能沒有人會信，但是他如果帶著皇帝的玉璽，說他是皇帝，那么別人肯定會信。
第四、永樂年間有人告發建文帝藏在浦江義門鄭氏家中。
如果說建文帝果真是死于大火，那么朱棣完全不必要將這件事情當做一回事，然而事實是朱棣不但將這件事情當做一回事，而且還特別認真的將這件事情當做一回事，親自派人到鄭氏的家中搜查。
后來什么都搜查不出來，還發了一場大火，將那個誣告的人直接處死。從這件事情可以看出，朱棣本人認為建文帝沒有死。
第五、胡濙是負責尋找建文帝的，在永樂二十一年的一天深夜，當時的朱棣正在征途中睡覺，可就是在這種情況下，胡濙將朱棣吵醒，兩個人一直談了將近半夜的話。
至于兩個人到底談了什么，史書上并沒有記載，畢竟當時在場的只有他們兩個人，沒有第三個人，但可以肯定，胡濙百分百找到了建文帝，如果沒有找到，他是絕對不敢回來向朱棣復命的。
要知道，到永樂二十一年，他已經找建文帝找了二十年，連他的母親去世他都沒有回來為他的母親守孝，而是一直奔波在外，因為他明白，自從他接受朱棣尋找建文帝的這一道命令開始，就注定了他必須要找到建文帝，就算找到死。
有的人或許會說，難道他就不可能忽悠朱棣嗎？這是絕對不可能的。依靠朱棣的習性，你如果單單只憑一張嘴，就想說服朱棣，說你找到了建文帝，朱棣肯定不會相信。要想讓朱棣相信，第一、要有只有建文帝與朱棣兩人知道的事情；第二要有信物。
胡濙當時肯定這兩樣都有，要不然朱棣當時就把他斬了。
有傳聞，建文帝曾經到過云南武定獅子山，在這座山的寺廟當中有一座建文帝的雕像；有傳聞，建文帝曾經到過龍興古鎮的龍藏寺為僧，“龍興”一名正是來自于建文帝的到來；有傳聞，建文帝曾經到過重慶瓷器口寶輪寺，因為建文帝的到來，寶輪寺改名為龍隱寺。
民間關于建文帝的傳聞數不勝數，甚至在武昌一帶有一支姓“讓”的人，聲稱是建文帝的后代，還拿出《讓氏家譜》以供證明。之所以姓讓不姓朱，是因為建文帝改名“讓鑾”，所以后代一直姓讓。
建文帝并沒有死于大火，而是逃到宮外的這種說法承認的人有很多，以至于在修《明史》的時候，紛爭不斷，到后來留下了一句“宮中火起，帝不知所蹤”，相當于間接表示建文帝并沒有死于大火。
結語
建文帝的失敗可以說是朱元璋一手造成的。建文帝早在朱元璋活著的時候，就已經向朱元璋說明藩王的危害，外敵藩王可以解決，但是藩王有了異心那該怎么辦？可是朱元璋太過信任自己的兒子，不拿建文帝的話當一回事，以至于靖難之役的發生。
第一，朱允炆如果有這種膽識也不至于那么容易就丟失了江山。第二，如果朱允炆不逃跑，當時來說朱棣肯定不會馬上殺他，因為這樣會背負千古罵名，也得不到其他大臣的忠心臣服。第三，雖然當時不會殺他，但是會把他軟禁起來，想辦法讓他交出帝位然后再斬草除根。自古皇家最無情，朱棣為了手中的天下和帝權，朱允炆到最后也會難逃一死。
可能朱允炆本來就沒逃跑就是在龍椅等著朱棣，因為朱棣打著“清君側”的名義才起兵。朱棣看到朱允炆后想著如果留著他自己就當不了皇帝，殺了他又得了個弒君的罪名，這時就想到殺朱允炆燒了他的尸體，因破宮時有具燒的面目全非的尸體，然后編出朱允炆已經跑了的謊言，還派鄭和七下西洋尋找。
題目意義重大！朱元璋給朱允炆留了個小盒子，救命符，朱允炆曰，我的叔叔反我殺我怎么辦，朱元璋曰，萬不得已，宮中放火，轉身就跑，以題目來說，坐在龍椅等朱棣那不是傻帽一個，死路一條，如果題目成立朱棣最有可能，保衛皇城，派親信心腹，逼迫朱允炆自殺，經典的朱棣，就可以名正言順做皇帝了，感覺應該是這樣……
以朱棣敢誅方孝孺十族的氣魄，絕對會動朱允炆的。為爭皇位兄弟相殘的事例還少嗎？何況還是侄子。
一家能有二主么？
不逃跑也會被亂兵所殺，臨時工么？不認識朱允炆也正常，所以殺了也就殺人。
找個替死鬼咔嚓了，朱棣的皇位也算坐穩了。
我反正是傾向朱允炆是真跑了 ，因為只有他跑了，生死不明，這才是朱棣最大的安全隱患。為何?
朱允炆的皇位是正宗的，雖然兵敗，但稍微喘息一下，站出來振臂高呼，絕對有人會跟隨。朱棣當時實力并不強，他也擔心其他王爺打著清君側的名義過來弄他，所以他一上臺就趕緊進行各種補救措施，無論是輿論還是血統！
我覺得朱允炆被殺的可能性并不大，真的被朱棣殺了，為了統治需要，他也沒有必要瞞下此事，我說了，隨便找個替死鬼咔嚓了，然后大哭一場，叫著叔叔本來不是這個意思，帶兵只是想勤王，清君側而已，誰知小兵不懂事鑄成大錯——好侄兒啊，你放心，這個仇叔叔已經給你報了，兇手九族也滅了，安心上路吧，這個江山叔叔勉為其難幫著坐著吧。
您瞧，這么搞不比搞個朱允炆生死不明好得多么？朱允炆一日不查到行蹤，朱棣的江山一日就不穩，就算朱允炆復辟無望，但他的子孫也有復辟的希望，這就是朱棣最擔心的問題。所以，任何角度看，朱允炆都是逃了的。我看過經典傳奇，說是在廣西十萬大山里發現了朱允炆的痕跡，這一點又跟野史記載的吻合。
其實朱棣這事，跟李世民差不多，也別管他的皇位對不對了，但朱棣也算一個好皇帝，我覺得最起碼比朱允炆當得好。真的讓朱允炆再胡鬧下去，估計明朝回提前完蛋
應該會被朱棣囚禁起來，大概率是不會殺他的。對于朱棣來說，攻入皇宮之后，第一要事就是找到建文帝，無論是生是死都可以，如果建文帝活著，就逼他寫退位詔書，然后軟禁起來；如果建文帝死了，朱棣會假惺惺哭幾滴眼淚，然后在眾人擁護下登基。朱棣最怕的就是建文帝不見了，有建文帝存在，朱棣這個皇位始終名不正言不順，坐的不安穩，結果建文帝真的不見了???
可以幫方孝孺省去滅十族之禍，大明的皇權交替也會稍顯和平一些，因此也會少死一批人…
朱棣起兵打的是什么旗號？
清君側，靖國難。
巧合的是，西漢景帝之時，吳王劉濞用的也是這招叫做清君側，誅晁錯。說實話這招不新鮮，這樣的理由在中國歷史上不下五次。
雖然套路俗，但卻真的很好用。朱棣剛開始起兵，得到這句話不小的助力。
朱棣帶著這樣的口號殺入南京，朱允炆高坐殿堂之上，明面上朱棣是肯定不會動手的。因為這樣的人物都是要臉的。要知道為了證明自己皇位的正統性，朱棣在后來編了大量的故事。例如；說朱元璋本來就有意將皇位傳給朱棣。
《奉天靖難記》、《明太祖實錄》、《天潢玉牒》這些都是朱棣授意寫下的有利于自身的讀物。
朱允炆能活嗎？
不能，一個藩王軍閥進了京，能不拿一陣一線就回家嗎？雖無董卓的胖，但肯定是要干董卓的事。
剛開始肯定要殺一批朱允炆的重臣，剪除皇帝的羽翼，像方孝孺脾氣臭到那種境界的人，最多也就被夷三族。因為朱棣要臉，不能有濫殺的罵名，畢竟朱允炆還在。
架空朱允炆以后，慢慢蠶食。最后無非就是禪讓。又過幾年后，為杜絕后患。朱允炆難逃一死!
皇位交替的如此“平滑”，原本死在靖難之役的人，至少會活下一半。被發配到奴兒干都司的人也會少一半。
在《明朝那些事兒》里我曾經看到這樣一段，一個以打柴為生的樵夫，聽聞朱允炆下落不明，大哭投湖而死。
如果真如題目所設想那樣，以及我所猜測的那樣。像樵夫那樣的無辜生命，是不是可以免遭無妄之災？